Командировался на Северный Кавказ во время Первой чеченской войны.
Командировался во главе отряда «Тайфун» в Дагестан и Чечню в период Второй чеченской войны.
11-28 февраля 2000 года, действуя в Аргунском ущелье, отряд разгромил три базы сепаратистов, уничтожил более 40 боевиков без потерь со своей стороны. Во время одного из боёв Махотин лично подорвал гранатами пулемётную точку противника. В боях за село Комсомольское против бандформирования Руслана Гелаева Махотин лично уничтожил 3 огневые точки и 5 сепаратистов, вынес на себе тяжелораненого.
7 марта 2000 года, оказавшись в окружении, Махотину удалось организовать круговую оборону и, нанеся противнику потери, прорваться к своим.
10 марта 2000 года он лично подорвал опорный пункт противника, уничтожив 20 боевиков, а затем в тот же день прорвала кольцо окружения группы военнослужащих внутренних войск. В тех боях Махотин получил контузию, но оставался в строю[
Указом Президента Российской Федерации в 2001 году за «проявленное мужество в боях и умелое руководство подразделением в борьбе с террористическими формированиями на Северном Кавказе» полковник внутренней службы Алексей Махотин был удостоен высокого звания Героя Российской Федерации с вручением медали «Золотая Звезда».
Награждён орденом Мужества, рядом медалей и именным оружием.